O SI2E pretende estimular o surgimento de iniciativas empresariais e a criação de emprego em territórios de baixa densidade e por essa via promover o desenvolvimento e a coesão económica e social do país. Não se aplica exclusivamente aos territórios de baixa densidade, o SI2E favorece através de majorações específicas os investimentos nelas realizados e sobretudo cria condições para uma maior dinâmica empresarial ao ajustar tipologias de projetos às condições reais das micro e pequenas empresas do interior.

O SI2E será gerido pelos: Grupos de Ação Local (GAL), quando os incentivos resultarem de estratégias de Desenvolvimento Local de Base Comunitária (DLBC) ou pelas Comunidades Intermunicipais (CIM) ou Áreas Metropolitanas (AM), quando os mesmos decorrerem da concretização dos Pactos para o Desenvolvimento e Coesão Territorial.